Фамилия Бабушко — один из тех редких случаев, когда фамилия образована не от имени или профессии, а от родственного прозвища, данного по старшему члену семьи. В её основе лежит ласкательное обращение «бабушко» — так у славян называли любую пожилую женщину, не обязательно родную бабушку. Подобное прозвище могло закрепиться за внуком, которого воспитывала бабушка, или за её любимцем — ребёнком, который постоянно был при ней. В крестьянском быту, где несколько поколений жили вместе, такие «бабушкины» дети получали прозвище по самому близкому и заботливому человеку.

Словообразовательная модель здесь необычна. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев (Бабушкин, Бабуров), фамилия Бабушко образована с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -к- (ср. бабушка → бабушко) и оформлена по типу украинских или белорусских фамилий на -о. Такое окончание характерно для западнорусских земель: фамилии на -о чаще встречаются на Украине, в южных областях России и в Белоруссии. Если бы фамилия возникла в центральной или северной Руси, она, скорее всего, звучала бы как Бабушкин.

В ономастике нет единого мнения, считать ли «бабушко» прямым обращением или прозвищем, данным со стороны. Версия о том, что фамилию мог получить подкидыш или сирота, которого приютила чужая бабка, менее правдоподобна: такие случаи единичны и не объясняют распространённость модели. Гораздо вероятнее, что прозвище давали в быту — без драматической подоплёки.

Фамилия Бабушко не принадлежала дворянским родам и не фиксируется в древних боярских списках. Это поздняя крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась в XIX веке, когда у простых людей появилась обязательная фамильная запись. Её носители — потомки тех, кого в деревне знали как «бабушкиного внука» или просто «бабушко». Сегодня фамилия встречается редко, преимущественно на юге России и в восточных областях Украины, что подтверждает её западнорусское происхождение.