Фамилия Бабруев — редкий случай, когда прозвищная основа не бросается в глаза, а её значение приходится восстанавливать по косвенным данным. Суффикс -ев указывает на типичную модель русской фамилии: от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или -й. В основе лежит слово «бабруй» — так в старых русских говорах называли бобра, причём не столько самого зверя, сколько его характерный признак. В словаре Даля «бабруй» — это «бобр», но с оттенком: так могли назвать человека за схожесть с этим животным — за медлительность, хозяйственность или, наоборот, за ловкость в воде.

Версия с этнонимом маловероятна: хотя существует город Бобруйск, а его название связывают с бобрами, фамилия Бабруев не выводится напрямую из топонима (было бы Бабруйский или Бобруйский). Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Бабруй — за повадки, внешность или занятие. Бобровый промысел на Руси был распространён, и бортники, звероловы нередко получали прозвища по добыче.

Интересна замена «о» на «а» в корне: «бабруй» вместо «бобруй». Это не ошибка, а диалектная черта — аканье, характерное для южнорусских и среднерусских говоров. Фамилия Бабруев могла закрепиться именно в тех регионах, где произносили «бабёр» или «бабруй».

Сравнение с однокоренными фамилиями Бобров, Бобруев, Бабров показывает, что Бабруев — не просто вариант, а самостоятельная форма, сохранившая местное произношение. Встречается она крайне редко, в основном в центральных областях России. Социальный статус первых носителей, вероятно, был крестьянским или посадским — прозвища из мира живой природы давали людям, близким к лесу и реке.