Фамилия Бакушкина образована от прозвища Бакушка, которое восходит к глаголу «бакулить» — говорить, разговаривать. Это слово широко бытовало в северных и центральных говорах. Значит, прозвище Бакушка мог получить человек словоохотливый, любящий поболтать, или, напротив, тот, кто говорил складно и убедительно. Фамилия закрепилась в женской форме, как это часто бывает при передаче по женской линии или в документах, где женщина записана через мужа.

Менее убедительная версия связывает основу с именем Бакушка — просторечной формой крестильного имени Абакум (церковное Аввакум). В переводе с древнееврейского оно означает «обнимающий». Однако эта гипотеза слабее: производные от «бакулить» встречаются в русских говорах чаще, чем сокращения от Аввакума, к тому же форма Бакушка для этого имени нехарактерна — обычно использовались варианты Бакум или Абакумка.

Словообразовательная модель проста: к основе Бакуш- добавлен суффикс -к-, типичный для уменьшительных или обиходных прозвищ, а затем фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Бакушкин. Такая модель распространена в северных и центральных регионах России, поэтому географически фамилия чаще встречается в областях, где глагол «бакулить» был в ходу — например, в Вологодской, Архангельской, Костромской.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает версию: Бакулин, Бакулов, Бакушин образованы от тех же диалектных основ и тоже связаны с говорливостью, а не с крестильными именами. Таким образом, предок носительницы фамилии Бакушкина, скорее всего, был человеком общительным, красноречивым, а не носителем редкой формы церковного имени.