Фамилия Бакушкин образована от прозвища или нецерковного имени Бакушка. В говорах бакушей называли болтуна, краснобая или ловкача — человека, который умеет складно говорить и обводить вокруг пальца. Слово происходит от глагола «бакулить» (говорить, болтать), который до сих пор живёт в диалектах. Так что первый носитель фамилии, скорее всего, был известен своим острым языком или умением убеждать.

Существует и другая версия, менее убедительная, но тоже имеющая право на жизнь. Бакушка могла быть просторечной формой крестильного имени Аввакум (в народном произношении — Абакум). Это имя пришло из древнееврейского и означает «обнимающий». Однако против этой гипотезы говорит то, что от имени Аввакум обычно образовывали фамилии Абакумов, Аввакумов или Обакшин, а форма на -ушка характерна скорее для прозвищ, чем для сокращённых имён.

По модели образования фамилия относится к типично русскому типу на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Бакушкин, то есть сын или потомок Бакушки. Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где были распространены прозвища на -ушка. Если ваши предки носили эту фамилию, они вполне могли быть крестьянами или посадскими людьми из Владимирской, Ярославской или Вологодской губерний — именно там чаще всего фиксировали прозвище Бакушка.