Фамилия Банушкин — одна из тех, что хранит в себе уменьшительно-ласкательное имя или прозвище. Её основа — Бануша. Это разговорная форма крестильного имени, и здесь возможны два основных варианта. Самый вероятный — от имени Венедикт (через народную форму Веня, уменьшительное Венюша, которое могло перейти в Банюша). Второй вариант — от имени Бенедикт (латинское «благословенный»), которое в русском быту также давало формы Беня, Бенюша, а позже, под влиянием аканья, — Банюша.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Банушкин буквально значит «сын Бануши» или «человек из семьи Бануши». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин и -кин встречаются чаще, чем на юге. Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и некоторых районах Центральной России, что подтверждает её происхождение из крестьянской или мещанской среды — там прозвищные фамилии на -ушка были особенно распространены.

Интересная деталь: в основе фамилии лежит не полное церковное имя, а его домашняя, бытовая форма. Предок носителя фамилии, скорее всего, звался в обиходе Банюшей или Банушей, и это прозвище закрепилось за его потомками. Прямой связи с профессией или ремеслом здесь нет — только с личным именем, что типично для ранних русских фамилий, возникших в XV–XVII веках.

С точки зрения ономастики, фамилия Банушкин — хороший пример того, как народная этимология и местные говоры перерабатывали церковные имена. Если бы не акающий говор, мы бы сейчас писали «Бенюшкин» или «Венюшкин». Встречаются также варианты написания с одной «н» — Банушин, но они ещё реже.