Фамилия Банушкина — женская форма, а её мужской вариант, Банушкин, образован по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Банушкин буквально значит «сын Банушки» или «человек из рода Банушки». В центре фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Банушка, которое само по себе — уменьшительно-ласкательное образование от более старой основы.

Корень здесь — бан-, который в русских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное: «баня» или «банщик». Прозвище Банушка могли дать человеку, который работал в бане, топил её или обслуживал посетителей. В северных и сибирских диалектах слово «баня» имело и переносный смысл — «жаркое, душное место», так что прозвище могло закрепиться за тем, кто любил париться или, наоборот, страдал от жары.

Менее распространённая, но возможная версия связывает Банушку с диалектным глаголом «банить» — говорить пустое, болтать, или с «баня» в значении «болтовня, пустословие». В этом случае прозвище получил говорливый человек. Однако первая версия — банно-профессиональная — выглядит убедительнее, поскольку прозвища по ремеслу в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем по черте характера.

Фамилия редкая, географически не привязана к одному региону — встречается и в центральных областях, и на Урале, что говорит о её сравнительно позднем происхождении (XVII–XVIII века), когда фамилии начали массово фиксироваться у крестьян и мещан. В дворянских родословных Банушкины не отмечены: это фамилия простого сословия, скорее всего, крестьянского или посадского человека, чей предок имел дело с баней.