Фамилия Бакушкины — типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища или мирского имени. Её основа — слово «бакушка», которое в старину имело два основных значения. Первое и самое вероятное: так называли говорливого человека, краснобая или ловкача. Второе, менее распространённое, — это просторечная форма крестильного имени Аввакум (Абакум), которое с древнееврейского переводится как «обнимающий». Вторая версия кажется менее правдоподобной, потому что в народе имя Абакум чаще усекалось до Бакум, а не до Бакушка; форма на -ушка характерна скорее для прозвищ, описывающих поведение.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бакушкин — значит «сын Бакушки» или «из рода Бакушки». Такая модель типична для фамилий, возникших в северных и центральных губерниях России, где -ин был основным патронимическим суффиксом наряду с -ов. Точное время и место появления фамилии установить трудно: процесс закрепления фамилий в разных сословиях длился с XV по XIX век, и Бакушкины могли оформиться в любой из этих периодов.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Бакушкин — редкий случай, когда прозвищная основа (болтун, говорун) конкурирует с календарным именем. Если верна первая версия, то предок Бакушкиных обладал заметным даром речи — либо красноречием, либо склонностью к пустословию. Если вторая — то он был крещён в честь святого Аввакума, одного из ветхозаветных пророков. Обе гипотезы имеют право на существование, но лингвистически более обоснована первая: в русской ономастике прозвища по речевой манере давались очень часто, а уменьшительная форма от Абакума — Бакушка — не зафиксирована в исторических документах как распространённая.