Фамилия Балабудкина — женская форма, а мужская, Балабудкин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Балабудкин буквально значит «сын (или потомок) Балабудки». Основа здесь — не имя, а прозвище Балабудка.

Что такое «балабудка»? Слово это диалектное, и его значения разнятся в зависимости от региона. В южнорусских и украинских говорах «балабудка» — непоседа, егоза, человек, который постоянно суетится и не может усидеть на месте. В других областях так могли назвать болтуна или пустомелю. Корень здесь тот же, что и в слове «балакать» (говорить, болтать) или «балаболка». Вторая часть «-будка» может быть связана с глаголом «будить» или «будоражить» — то есть прозвище описывало человека, который всех тормошит, не дает покоя.

Есть и другая, менее вероятная версия: что «балабудка» — это искажённое «баламутка» (смутьян, возмутитель спокойствия). Но в говорах зафиксирована именно форма «балабудка» как самостоятельное слово, так что первая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Балабудкин тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается она нечасто, что типично для фамилий, образованных от редких диалектных прозвищ. В отличие, скажем, от фамилий на -ов (Иванов, Кузнецов), модель на -ин чаще закреплялась за прозвищами, оканчивающимися на -а/-я, поэтому Балабудкин стоит в одном ряду с фамилиями вроде Баламуткин или Балабошкин.

Сословных границ у этой фамилии не было: прозвище Балабудка могли дать и крестьянину за его бойкий нрав, и ремесленнику за привычку громко разговаривать. Судя по модели образования, фамилия окончательно закрепилась в XVII–XVIII веках, когда у русских крестьян и посадских людей массово появлялись фамилии от уличных прозвищ. Никаких дворянских родов с такой фамилией в истории не отмечено — это фамилия простого человека, чья главная черта, запечатлённая на века, — живой, беспокойный характер.