Основой фамилии Балафин послужило имя Балав. Скорее всего, фамилия Балафин восходит к искаженному армянскому имени Балав, которое в переводе на русский язык означает «пастух». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Балав, со временем получил фамилию Балафин.