Фамилия Балафин — редкий случай, где русская фамильная модель накладывается на иноязычную основу. По наиболее вероятной версии, в её основе лежит искажённое армянское имя Балав, означающее «пастух». Такое прозвище или имя мог получить человек, занимавшийся выпасом скота, либо глава рода, чьё занятие стало родовым знаком.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: Балафин — это «сын Балафа» или «человек из рода Балафа». Переход имени Балав в форму Балаф (а затем в Балафин) мог произойти под влиянием живого произношения или при записи фамилии в документах — оглушение конечного «в» до «ф» в русском языке явление обычное.

О точной географии бытования фамилии Балафин данных мало: она встречается точечно, не образуя больших гнёзд в традиционных русских регионах. Это может говорить о сравнительно позднем оформлении фамилии или о миграции одной семьи. Среди однокоренных фамилий — Балаев, Балашов, но Балафин стоит особняком: суффикс -ин и редкая основа делают её скорее единичным памятником, чем массовым типом.

Несмотря на армянский корень, сама фамилия Балафин — часть русской ономастики. Она показывает, как иноязычное имя встраивалось в привычную для славян систему фамильных суффиксов, сохраняя при этом память о занятии предка.