Фамилия Балакерская — редкий случай, когда географическая основа прозрачна, а суффикс указывает на социальный статус. Она образована от топонима Балакеры или Балакеря — названия населённого пункта, скорее всего, в украинских или южнорусских землях. Суффикс -ск- (в женской форме -ская) типичен для дворянских или шляхетских фамилий, а также для фамилий духовенства: он указывал на связь с местом, но не на прямую принадлежность крестьянину или ремесленнику.

Само название Балакеры, вероятно, восходит к тюркскому «балак» — «рыба, мелкая рыбёшка» или к диалектному русскому «балакать» — «говорить, болтать». В первом случае селение могло стоять на рыбной реке, во втором — прозвище жителей могло быть связано с говорливостью. Менее вероятна связь с «балак» в значении «грязь, топь» (тюркские заимствования в южных говорах).

Фамилия нечастотна и встречается в основном в южных регионах бывшей Российской империи — на Кубани, в Ставрополье, в Крыму. В дореволюционных метрических книгах Балакерские изредка фиксируются среди мещан и казаков, но не среди крестьян, что подтверждает модель образования: «из Балакер» — то есть выходец из этого села или хутора, получивший фамилию при переезде или при записи в сословие.

Поскольку основа — топоним, а не личное имя или прозвище, фамилия Балакерская не имеет «родоначальника» с таким прозвищем. Её носители — потомки людей, которых когда-то записали по месту выхода. В этом она близка к фамилиям вроде Горская или Полянская, но с более узкой и конкретной географической привязкой, которую сегодня уже трудно восстановить по карте.