Фамилия Балаханов образована от личного имени Балахан. Это составное тюркское имя, где первая часть — «бала» (ребенок, дитя, сын), а вторая — «хан» (властитель, вождь племени). Слово «хан» восходит к древним титулам «хаган» или «каган», которые у кочевых народов Ирана и Афганистана обозначали племенного вождя или монарха.

Смысл имени Балахан можно понять двояко. С одной стороны, это «сын хана», прямое указание на происхождение. С другой — родители могли дать такое имя новорожденному как пожелание: чтобы он вырос влиятельным, как хан, или чтобы подчеркнуть высокий статус семьи. В любом случае, имя звучало как комплимент социальному положению ребенка.

Фамилия строится по стандартной русской модели: к основе Балахан добавляется суффикс -ов, образующий притяжательное прилагательное («чей?» — Балаханов сын). Со временем это отчество закрепилось как фамилия.

Среди носителей фамилии, зафиксированных в региональных Книгах памяти, встречаются люди разных сословий. Например, в Республике Коми записан Балаханов Александр Иванович (1903 г.р.). В Самарской области — служащий Балаханов Андрей Никифорович (1899 г.р.) из села Большая Раковка. А в Алтайском крае упоминается Балаханов Терентий Митрофанович (1892 г.р.), живший в Томской губернии. Эти разрозненные данные показывают, что фамилия была распространена не в одном регионе, а от Поволжья до Сибири.

В написании фамилии важно не путать её с похожей, но другой по смыслу фамилией Балахонов — та образована от прозвища Балахон (человек, носивший балахон) и не имеет отношения к тюркским титулам.