Фамилия Балаханова происходит от прозвища или нецерковного имени Балахан. В тюркских языках, откуда слово попало в русские говоры, «балахан» означало «большой дом, хоромы», а также «шатер, палатка». Человек, получивший такое прозвище, мог быть владельцем просторного жилья, либо, что вероятнее, строителем или содержателем постоялого двора, торгового шатра. В южнорусских и поволжских диалектах слово «балахан» закрепилось именно в значении «временное жилье, балаган», и прозвище могли дать выходцу из такого жилья или человеку, который ставил шатры на ярмарках.

Модель образования проста: к основе «Балахан» добавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Балахана). Женская форма Балаханова — это вариант фамилии для женщины, образованный по той же модели, что и мужская Балаханов. Фамилия довольно редкая и имеет отчетливую географическую привязку: наибольшее распространение она получила в Астраханской области, Калмыкии и Дагестане, что логично, учитывая тюркские корни слова и историю региона.

Интересно, что, несмотря на внешнее сходство, фамилия Балаханова не имеет отношения к азербайджанскому поселку Балаханы (известному нефтяными промыслами). Топоним Балаханы происходит от персидского «балахане» — «верхнее помещение, верхний дом», и хотя корень тот же, русская фамилия образовалась независимо от этого географического названия, скорее от нарицательного слова, бытовавшего в среде торговцев и ямщиков. Если же предок был из служилых людей, прозвище могло закрепиться за ним в документах XVII века как «Балахан» — в писцовых книгах встречаются крестьяне и посадские с таким именем, что указывает на нецерковное имя, данное по внешнему признаку или роду занятий.

Таким образом, фамилия Балаханова — не аристократическая, а народная, ремесленная или торговая, и ее носители, скорее всего, происходят из среды городских или сельских жителей юга России, чьи предки имели дело с постройкой или арендой временного жилья, либо сами жили в большом доме, выделявшемся среди соседских изб.