Фамилия Балалина — женская форма, а мужская — Балалин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Балала, которое происходит от глагола «балалакать» — болтать, пустословить. Так в русских говорах могли назвать говорливого человека, любителя поболтать, а иногда и того, кто говорит невпопад или несёт чепуху. Связь с музыкальным инструментом — балалайкой — вторична: и слово, и фамилия образованы от того же звукоподражательного корня «бала-», означающего нечленораздельную речь или детский лепет.

Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Балалин, то есть сын или потомок Балалы. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где патронимы на -ин особенно распространены. В документах фамилия встречается с XVII века: в переписных книгах есть записи о крестьянах Балалиных в Вятском и Костромском уездах. В Ономастиконе С. Б. Веселовского упоминается Балала — крестьянин, живший в начале XVI века в Новгородской земле.

Редкий, но возможный вариант происхождения — от тюркского имени Балала, которое означает «дитя», «малыш». В этом случае фамилия могла возникнуть в среде служилых татар или выходцев из Золотой Орды, но для русских фамилий такая версия менее вероятна: прозвище Балала в русском языке зафиксировано раньше и имеет прозрачную славянскую этимологию.

Сословно фамилия Балалины — почти всегда крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией нет в гербовниках. Сегодня она встречается нечасто, заметно чаще — в Кировской, Нижегородской и Костромской областях, что совпадает с историческим ареалом бытования прозвища.