Фамилия Балберкин — редкий образец, где прозвищная основа перешла в фамилию без изменений, минуя стадию крестильного имени. Её ядро — слово «балберка» или «балбер», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — «болтун, пустомеля», от глагола «балберить» (говорить вздор, молоть чепуху). Второе, более конкретное и, вероятно, исходное — деревянный поплавок для рыболовной сети, который в волжских и каспийских говорах называли «балберкой» или «балбером». Прозвище Балберка мог получить либо человек, склонный к пустой болтовне, либо, что правдоподобнее, рыбак, мастер, делавший или продававший эти поплавки. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Балберкин — сын или потомок Балберки.

Словообразовательная модель проста и архаична. Фамилия образована не через патронимический суффикс -ов/-ев, а через -ин, который в русской ономастике закрепился за основами, оканчивающимися на -а, -я. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Балбе́ркин, что сохраняет ритмику исходного прозвища. Встречается вариант Балберко́в, но он вторичен и встречается реже — его могли дать «на слух» при переписи, не разобравшись в суффиксе.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где был развит сетной лов рыбы. Встречается в старых метрических книгах Астраханской губернии и в казачьих станицах Дона. Сословно — это почти наверняка фамилия крестьянская или мещанская, без дворянского корня. Есть и редкая, спорная версия, что основа могла восходить к тюркскому «балбер» — «неуклюжий, толстый» (сравните с татарским «балбыр» — «глуповатый»), но она слаба: в русских говорах слово «балберка» имеет прозрачную славянскую этимологию и устойчивую связь с рыболовным промыслом.

Однокоренные фамилии — Балберов, Балбердин, Балберин — все от той же основы, но с разными суффиксами. Балберкин выделяется среди них именно сохранением уменьшительно-пренебрежительного суффикса -к-, который придавал прозвищу оттенок снисходительности или насмешки.