Фамилия Балботкина — женская форма фамилии Балботкин, и её разбор стоит начать с суффикса. Это типичная «семейная» фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Балботкин — «сын Балботки» или «человек из дома Балботки». В русской ономастике такой способ образования — один из самых распространённых, но основа здесь неочевидная.

Корень «балбот-» в русских говорах встречается редко и носит ярко выраженный звукоподражательный или прозвищный характер. Скорее всего, в основе лежит слово «балботать» — диалектный глагол, означающий «бормотать», «говорить невнятно», «болтать без умолку». В некоторых областях (особенно в южнорусских и белорусских говорах) «балбота» или «балбот» — прозвище болтливого, несерьёзного человека или того, кто говорит быстро и неразборчиво. Таким образом, первый носитель фамилии (Балботка) получил прозвище по характерной манере речи.

Версия о связи с балтийскими корнями (лит. balbatuoti — «лепетать») тоже имеет право на существование, но она лишь подтверждает общеславянскую звукоизобразительную природу слова. Менее вероятна гипотеза о происхождении от тюркского «бал» (мёд) — она не объясняет суффикс и звуковой облик фамилии.

География фамилии Балботкина неширокая: единичные случаи встречаются в Тверской, Псковской областях и на Смоленщине — как раз в зоне, где диалектная лексика сохранила архаичные глаголы с корнем «балб-». Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища по речевым особенностям давали в среде, где не было строгого именослова.

По написанию фамилия устойчива — вариантов вроде Болботкина или Балбаткина почти не фиксируется, что говорит о позднем закреплении в письменных источниках (XIX век), когда фамилии уже перестали «переделывать» под местное произношение.