Фамилия Баботкин — редкий случай, когда основа настолько затемнена, что приходится выбирать между двумя совершенно разными версиями. И обе имеют право на существование.

Самый вероятный путь — отчество от прозвища или имени Баботка. Суффикс -к- в основе указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму. Баботка могло быть производным от Боба (краткая форма имени Борис) или от диалектного «баба» — женщина, но с уничижительным оттенком. В русских говорах слово «баба» порождало множество прозвищ для мужчин: баба, бабка, баботка — так могли назвать нерешительного, изнеженного или просто любимого матерью сына. Фамилии на -кин (Баботкин, Бабкин) в этом ряду не редкость.

Вторая версия — профессиональная. В некоторых областях «баботкой» называли деревянную колотушку, которой стучали в сторожа, или деталь ткацкого станка. Человек, делавший такие баботки или работавший с ними, мог получить прозвище, а его дети — фамилию. Эта гипотеза менее распространена, но объясняет необычный суффикс -от- (как в «колотка»).

Фамилия почти не встречается за пределами центральной России и Поволжья. По переписям XIX века, единичные носители записаны в крестьянском сословии, преимущественно в Тверской и Ярославской губерниях. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Баботкин), а основа сохранила редкое прозвище, которое само по себе уже исчезло из обихода.