Скорее всего, фамилия Бабот образована от прозвища по названию местности, где родился или жил предок-основатель данного рода. В Вологодской области с глубокой давности известно Бабот-озеро. Еще в грамоте князя Семена Ивановича Кемского от 1550 года упоминаются деревни на Бабот-озере. Вепсское babota - «повивать, нянчить» могло проникнуть в основу лимнонима (названия озера) через прозвище человека. Представляет интерес то, что в 5 километрах восточнее Бабот-озера находятся два Бабьих озера. Возможно, между этими лимнонимами существует какая-то связь и они являются вепсско-русской калькой. Таким образом, фамилия Бабот уходит корнями вглубь истории к представителями древнейшего коренного населения Карелии — вепссам.