Фамилия Бабот — редкий случай, когда географическое название (лимноним) почти наверняка стало основой для фамилии, а не наоборот. В Вологодской области, на территории бывшего Белозерского княжества, с XVI века известно Бабот-озеро. В грамоте князя Семёна Ивановича Кемского от 1550 года уже упоминаются деревни, стоявшие на этом озере. Человек, переселившийся оттуда или владевший там землёй, получал прозвище по водоёму — Бабот, а его потомки закрепили эту форму как фамилию.

Слово «бабот» не имеет славянской этимологии. Его корни уходят в вепсский язык: babota означает «повивать, нянчить». Вепсы — древнейшее коренное население Карелии и части Вологодчины, и их топонимика здесь обычна. Интересно, что всего в пяти километрах восточнее Бабот-озера находятся два Бабьих озера. Ономасты видят в этом пару «вепсское название — русский перевод»: вепсское babota (от bab — «баба, женщина») могло быть осмыслено русскими переселенцами как «бабье», и так возникла калька. В таком случае Бабот-озеро — исходный, вепсский вариант, а Бабьи озёра — более поздняя русская адаптация.

Фамилия образована без суффикса, напрямую от прозвища, что для русских фамилий нетипично (чаще встречаются формы на -ов, -ин). Это указывает либо на её позднюю фиксацию, либо на то, что прозвище закрепилось в устной речи в неизменном виде. Носители фамилии Бабот — потомки людей, живших на вепсско-русском пограничье, вероятно, крестьян или рыбаков с берегов Бабот-озера. Других версий происхождения, заслуживающих серьёзного рассмотрения, у этой фамилии нет: ни от профессии, ни от личного имени она не образована.