Фамилия Балепин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит неканоническое имя или прозвище Балепа. В русском языке это слово могло быть искажённым вариантом диалектного «балепа» — так в некоторых говорах называли заику, человека с невнятной речью. Если это так, то фамилия образована по типичной модели: к основе на -а добавили суффикс -ин, который указывал на принадлежность («чей?» — «сын Балепы»). Это характерно для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «балепить» (лепить, мастерить неуклюже или медленно). В этом случае прозвище Балепа мог получить нерасторопный или неловкий в работе человек. Важно, что фамилия не имеет отношения к распространённым именам вроде Борис или Болеслав — корень здесь явно прозвищный, а не крестильный.

Суффикс -ин в фамилии говорит о том, что она возникла в среде, где отчество на -ин было нормой (в основном среди крестьян и мещан, а не дворян, у которых чаще встречались фамилии на -ов/-ев). Географически фамилия Балепин встречается в единичных записях по центральной России и Поволжью, но не образует плотных гнёзд — это указывает на её локальное происхождение, возможно, от одного родоначальника в конкретной деревне.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Балепов, Балепкин) показывает, что форма Балепин — самая прямая, без дополнительных суффиксов, что делает её более древней. В дореволюционных метрических книгах она могла записываться с ошибками: Балипин, Балепен, но ядро оставалось тем же. Сегодня носителей фамилии мало, и это делает её ценной для генеалогического поиска — найти предков Балепиных реальнее, чем обладателей массовых фамилий.