Фамилия Балганова — женская форма фамилии Балганов, и её происхождение уводит нас в мир тюркских языков и кочевой культуры. Вопреки возможному желанию связать её с русским глаголом «баловать», корень здесь совсем другой. Основа «балган» восходит к тюркскому слову со значением «грязь», «слякоть», «болото» или «мутная вода». В переносном смысле так могли назвать человека, живущего у топкого берега, или дать прозвище неопрятному, неряшливому человеку. В некоторых тюркских диалектах «балган» — это ещё и название растения (например, борщевика), что добавляет возможный «растительный» след.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на согласный добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Балгана). Таким образом, Балганов — это потомок человека по прозвищу Балган. География фамилии сосредоточена в тех регионах, где исторически смешивались русское и тюркское население. Наибольшая частота встречаемости — в Забайкалье, Бурятии, Иркутской области и на Алтае. Это не случайно: фамилия могла возникнуть среди казаков, контактировавших с бурятами, тувинцами или алтайцами, либо среди крещёных представителей этих народов.

Есть и альтернативная, менее распространённая гипотеза: связь с монгольским или бурятским именем Балган, которое в некоторых источниках переводят как «крепкий», «коренастый». Но это скорее исключение, чем правило, и ономасты отдают предпочтение «грязевой» версии из-за её прозрачной семантики в тюркских языках. В любом случае, Балганова — фамилия, которая ясно указывает на восточные корни носителя, на связь с Сибирью или степными народами. Её редкость на западе России лишь подтверждает эту региональную привязку.