Фамилия Балганов — редкий случай, когда тюркская основа сплелась с русским суффиксом, но точное значение корня вызывает споры. Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «балган» — в ряде языков (казахском, башкирском) так называют растение дурман, а в переносном смысле — человека с дурманящим, неспокойным характером. Однако есть и другая версия: от «бал» — мёд, сладость, и тогда прозвище Балган могло означать «сладкий, приятный человек» или даже «медовик» — торговец мёдом. Третья, менее вероятная гипотеза связывает фамилию с монгольским «балга» — город, крепость, но такая основа почти не встречается в русских фамилиях.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования: от прозвища или имени Балган сделали притяжательное прилагательное, а затем закрепили как фамилию. То есть Балганов буквально означал «сын или потомок Балгана». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и возникла не раньше XVI–XVII веков, когда массово оформлялись русские фамилии.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где русские соседствовали с тюркскими народами: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречается она нечасто, и это отличает её от более распространённых однокоренных фамилий вроде Балгановых (с суффиксом -ин) или Балгановских. Если предки носили эту фамилию, они могли быть выходцами из смешанной среды — например, обрусевшими татарами или башкирами, взявшими русскую фамилию по прозвищу. Точных сведений о сословной принадлежности нет, но в архивных записях XIX века Балгановы встречаются среди государственных крестьян и мещан Оренбургской и Казанской губерний.