Фамилия Баганов — редкий случай, когда за основу могло взяться не человеческое занятие или имя, а языческое верование. В смоленских говорах словом «баган» называли духа — покровителя скота. По поверьям, этот дух жил в хлеву, в специально устроенных для него яслях с сеном. Если баган был доволен, он умножал приплод и оберегал животных от болезней; в гневе же мог сделать самок бесплодными или погубить новорождённых телят и ягнят. Сеном из его яслей белорусы кормили отелившуюся корову как целебным средством.

Скорее всего, прозвище Баган получил пастух — человек, чья жизнь напрямую зависела от милости этого духа. Такое прозвище могло закрепиться и за тем, кто знал обряды задабривания багана, или просто за суеверным хозяином скота. Модель образования типична: к основе Баган- добавился патронимический суффикс -ов, и фамилия стала означать «сын Багана».

Менее убедительна, но возможна топонимическая версия. В Новосибирской области протекает река Баган, и фамилия могла возникнуть у выходца с её берегов. Происхождение названия реки спорно. В тюркских языках «баган» значит «столб». В русских говорах есть слово «багно» — «топкое место», что согласуется с болотистым характером части русла. Однако ареал фамилии Баганов не ограничен Сибирью, а встречается и в западных областях, где реки Баган нет, что делает версию с духом-покровителем основной.