Фамилия Баган чаще всего ведет начало от прозвища, данного по месту жительства. В основе лежит название реки Баган, протекающей в юго-западной части Новосибирской области. Скорее всего, основатель рода жил на ее берегах. Происхождение самого гидронима точно не установлено. По одной из версий, оно восходит к тюркскому «баган» — «столб». Однако более правдоподобной выглядит связь со старинным русским словом «багно», то есть «низкое, топкое место». Река Баган действительно частично протекает по болотистой местности, так что версия имеет под собой географическое основание.

Другие возможные источники фамилии лежат в диалектной лексике и личных именах. В смоленских говорах «баган» — название доброго или злого духа, покровителя скота. В этом случае прозвище могли дать пастуху или хозяину, державшему много скота. Существует и гипотеза, что фамилия образована от даргинского мужского имени Баган, которое восходит к арабской основе со значением «хвалимый, прославляемый». Таким образом, фамилия Баган могла возникнуть в разных регионах и социальных слоях независимо, но самая надежная привязка — к сибирской реке и окружающим ее болотистым низинам.