Фамилия Баган образована от аналогичного прозвища, в основе которого лежит название реки Баган, протекающей в юго-западной части Новосибирской области. Скорее всего, основатель рода Баган жил на берегах этой реки. Происхождение самого названия Баган точно неизвестно. По одной из версий, оно происходит от тюркского «баган» — «столб». По другой, оно связано со старинным русским словом «багно» — «низкое, топкое место». Вторая версия представляется более правдоподобной, так как река Баган частично протекает по болотистой местности. По другой версии, прозвище Баган, восходит к слову «баган», в смоленских говорах означавшему «некий добрый и злой дух, покровитель скота». В этом случае так могли прозвать пастуха или того, кто держал много скота. Согласно еще одной гипотезе, фамилия Баган образована от даргинского мужского имени Баган, которое образовано от арабской основы со значением «хвалимый, прославляемый».