Фамилия Баганова чаще всего — женская форма фамилии Баганов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Баган. Основа здесь не столько тюркская (хотя сразу напрашивается), сколько исконно славянская, диалектная. В русских говорах Сибири и Урала словом «баган» называли дудку, свирель, а также водяной пузырь или нарост на дереве. Человек, получивший такое прозвище, мог быть музыкантом-пастухом, играющим на багане, либо обладателем какой-то приметной особенности — например, хриплого голоса (как дудка) или внешнего сходства с «баганом» (вздутием, шишкой).

Версия о тюркском происхождении тоже существует, но она менее вероятна для массового бытования фамилии. В тюркских языках «баган» означает «столб», «колонна», «опора» — такое прозвище могли дать высокому, устойчивому человеку. Однако в русском ономастиконе фамилии с корнем «баган» фиксируются прежде всего в регионах русского Севера и Сибири, где активно использовалась местная лексика, а не заимствования из степных языков. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит подобные образования к группе прозвищ от названий музыкальных инструментов, что подтверждает первую версию.

Суффикс -ов- указывает на классическую русскую модель «чей?» — потомок Багана. То есть первый носитель фамилии Баганов был сыном или внуком человека по прозвищу Баган. Фамилия не аристократическая, а крестьянская или мещанская, что типично для большинства русских фамилий на -ов. Редкость фамилии связана с узкой диалектной базой: слово «баган» в значении «дудка» известно далеко не во всех областях, поэтому и носителей Багановых (и Багановых) сравнительно немного.