Фамилия Баганов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Баганов восходит к диалектному слову «баган», которое в смоленских говорах имеет значение «некий добрый и злой дух, покровитель скота». Скорее всего, предок обладателя этой фамилии носил прозвище Баган, указывающее на род занятий. Согласно этому, можно предположить, что он был пастухом. По верованиям, Баган он охранял скот от болезненных припадков и умножал приплод, а в случае гнева своего делал самок бесплодными или убивал ягнят и телят при самом их рождении. Белорусы отделяют для него в коровьих и овечьих хлевах особое место и устраивают маленькие ясли, наполненные сеном: здесь-то и поселялся баган. Сеном из его яслей они кормят отелившуюся корову, как целебным лекарством. Менее вероятно, что фамилия Баганов образована от названия протекающей в юго-западной части Новосибирской области реки Баган. Происхождения названия реки неясно. В тюркских языках есть слово «баган» — «столб». В русском языке есть слово «багно» — «низкое, топкое место». В пользу этой версии говорит то, что река частью течёт по болотистой местности. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Баган, со временем получил фамилию Баганов. О точном месте и времени возникновения фамилии Баганов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Баганов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.