Фамилия Балибардина — женская форма, а мужская, Балибардин, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Балибарды). Основа здесь — Балибарда. Это слово не встречается в современных словарях русского литературного языка, но легко угадывается его иноязычный, скорее всего, тюркский или монгольский, корень.

Вероятнее всего, прозвище Балибарда восходит к тюркскому «балык» (рыба) или «бал» (мёд, сладость) в сочетании с «барды» (имеющий, обладающий). То есть Балибарда — «рыбак» или «сладкоежка», «медовик». В тюркских языках такие составные прозвища были типичны: они давали меткую характеристику человеку — по занятию, привычке или внешности. Менее вероятна, но не исключена связь с «балта» (топор) — тогда прозвище означало бы «владеющий топором», то есть ремесленник или воин.

Фамилия редкая, географически привязана к регионам, где исторически сильны тюркские влияния: Поволжье, Урал, юг Сибири. Встречается и у русских, и у татар, и у башкир. Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я, поэтому Балибардина — результат обрусения тюркского прозвища: предок носителя получил прозвище Балибарда, а его потомки стали Балибардиными.

Спорных версий две: попытка вывести фамилию из славянского «балибарда» (якобы искажённое «балаболка» или «болтун») — лингвистически слаба, так как в славянских языках нет такого корня с устойчивым значением. Вторая — связь с польским «balibarda» (алебарда, оружие), но это единичное заимствование, не давшее прозвищ на русской почве. Самая правдоподобная версия — тюркская, с опорой на реальные антропонимические модели Волго-Уралья.