Фамилия Баллы — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку уже на уровне написания. Окончание на -ы, а не на -ов или -ин, сразу указывает на северный или сибирский тип образования. В русской ономастике фамилии на -ых/-их (Белых, Долгих, Седых) закреплялись в родительном падеже множественного числа и означали «из семьи таких-то». Баллы — это, скорее всего, застывшая форма родительного падежа от прозвища Балла, но с нехарактерным для русского языка окончанием. Такое написание могло возникнуть под влиянием украинского или белорусского произношения, где твёрдое «ы» звучит отчётливо, или же это результат позднейшего искажения в документах.

Корень «балл» отсылает к нескольким возможным источникам. Самая прямая версия — от слова «балл» как единицы оценки. В этом случае фамилия могла быть искусственной, семинарской: её давали в духовных училищах способным ученикам, словно ставя им высокий балл. Встречаются фамилии Отличницын, Хорошавин — Баллы стоит в этом же ряду. Но есть и бытовая версия: «балл» в некоторых говорах означал «балка», «бревно» или «толстая палка». Тогда прозвище Балла мог получить плотник или просто рослый, крепкий человек.

Спорным остаётся тюркский след. В татарском и башкирском языках есть слово «бал» — мёд, а «баллы» переводится как «медовый», «сладкий». Такая фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или в Поволжье как прозвище человека с мягким, ласковым характером. Однако форма на -ы в русской записи для тюркских фамилий нехарактерна — её скорее писали бы как Баллеев или Баллин. Поэтому версия с «медовым» корнем возможна, но требует документального подтверждения из конкретной местности.

География фамилии узкая. Баллы встречаются в основном в западных областях России, в Беларуси и на Украине. Это дополнительно склоняет к мысли, что перед нами не северорусская модель на -их, а украинская фамилия с окончанием -ий, которое в русской записи превратилось в -ы. Если исходная форма была Баллий (от прозвища Балло или Балла), то при переносе в российские метрики букву «и» могли заменить на «ы» по созвучию.

Таким образом, носитель фамилии Баллы может вести род либо от семинариста, получившего «отличную» фамилию, либо от украинского или белорусского крестьянина по прозвищу Балла. Точное значение без записи в ревизских сказках не установить, но оба пути ведут к простому и понятному прошлому: оценка или бревно.