Фамилия Бальников образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Бальников). Суффикс -ник в основе — типичный для прозвищ, образованных от названий занятий или предметов.

Корень «бальн-» восходит к древнерусскому слову «бальник» (или «балей»). В словарях XI–XVII веков «бальник» — это знахарь, колдун, ворожея, человек, умеющий заговаривать болезни. В некоторых диалектах «бальник» означал также лекаря, врачевателя, но с оттенком народной, а не официальной медицины. Соответственно, первый носитель фамилии, скорее всего, был потомком или сыном такого знахаря — человека, к которому в деревне ходили лечиться от хвори или снимать сглаз.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с личным именем Бальник — уменьшительной формой от канонического имени Валерьян (через народное «Баля»). Однако в этом случае ожидалась бы форма Бальников, а не Бальников (с ударением на первый слог), что делает версию с прозвищем-ремеслом более правдоподобной.

Географически фамилия встречается в центральных и южных регионах России, а также на Урале, что совпадает с зонами бытования диалектного слова «бальник». Встречаются варианты написания с одной «н» (Бальников) — это орфографическая ошибка, не меняющая этимологии, но иногда встречающаяся в документах XIX века.

Таким образом, Бальников — фамилия, прямо указывающая на занятие предка: он был знахарем, народным лекарем. В крестьянской среде это занятие пользовалось уважением, но и настороженностью, что нередко закреплялось в прозвищах и переходило в фамилии.