Фамилия Балныков — одна из тех, где связь с исходным словом не лежит на поверхности, и разбирать её приходится по частям. В ней отчётливо видна типичная русская модель: основа плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Балныка). Значит, в основе лежало личное или прозвищное имя Балнык.

Самое правдоподобное объяснение ведёт к тюркским корням. В тюркских языках есть слово «балык» — рыба. Суффикс -нык (или -лык) в тюркском словообразовании часто образует имена со значением места или свойства: «балнык» могло означать «рыбное место», «рыбак» или «тот, кто связан с рыбой». Для южнорусских и поволжских земель, где веками шло смешение с тюркскими народами (татарами, башкирами, ногайцами), это естественный источник фамилий. Предок Балныков мог быть рыбаком, жить у рыбного озера или получить прозвище за сходство с рыбой — по аналогии с тем, как в русских говорах человека называли Ершом или Окунем.

Менее вероятна, но возможна версия от русского диалектного слова «балнык» — так в некоторых говорах называли балбеса, недотёпу. Однако эта гипотеза слабая: слово не зафиксировано в авторитетных словарях как распространённое, и фамилия с таким значением была бы скорее исключением, чем закономерностью.

Географически фамилия редкая. Встречается преимущественно в Западной Сибири и на Урале — регионах позднего заселения, куда переселенцы приносили свои фамилии из разных губерний. Возможно, корни Балныковых — в южных областях России, откуда шла миграция на восток.

Интересная деталь: у фамилии есть вариант написания с одной «н» — Балыков, и с «ы» после «л» — Балынков. Это не ошибки, а следы разного произношения и записи в документах, когда писарь фиксировал фамилию на слух. В старых метрических книгах можно встретить все три формы, что затрудняет поиск предков, но и подтверждает, что фамилия не книжная, а народная, из живой речи.