Фамилия Бальникова образована от прозвища Бальник. В старину бальником называли знахаря — деревенского лекаря, который умел врачевать недуги у людей и животных, находил пропажи, указывал на вора, останавливал падеж скота и предсказывал будущее. В народном сознании знахарство часто сближалось с ремеслом, поэтому прозвище Бальник относят к «профессиональным» именованиям, указывающим на род занятий предка.

Менее вероятно, что прозвище Бальник восходит к глаголу «балить» (болтать, шутить). В этом случае его мог получить балагур и шутник, но такая версия уступает первой по правдоподобию: в русских говорах именно «бальник» закрепилось за знахарем, а не за говорливым человеком.

Словообразовательная модель фамилии простая: к основе Бальник прибавили суффикс -ов, затем женское окончание -а. По такой схеме в XVI–XVII веках образовывали фамилии от прозвищ, которые передавались по мужской линии.

Интересно, что фамилия Бальников (и её женская форма Бальникова) встречается в основном в северных и центральных губерниях России — там, где знахарство было особенно востребовано из-за удалённости от городов и нехватки профессиональных врачей. В некоторых диалектах слово «бальник» имело дополнительный оттенок: так могли назвать не только лекаря, но и колдуна, что сближало его с «ведуном» или «ворожеем».

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Бальников, Бальниченко, Бальничук — то бальниковская ветвь сохранила самую архаичную форму, без уменьшительных или патронимических суффиксов. Потомок человека, которого звали Бальник, со временем получил фамилию Бальникова.