Фамилия Балтакова — женская форма фамилии Балтаков, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками. Корень «балта» в большинстве тюркских наречий означает «топор». Прозвище Балтак, от которого и пошла фамилия, могло получить человек, связанный с этим инструментом: лесоруб, плотник или даже воин, использовавший топор как оружие. Однако в переносном смысле «топор» могло означать человека резкого, прямолинейного или же «рубящего правду-матку» без обиняков.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий тюркского происхождения: основа «Балтак» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов (в женском роде -ова). По сути, фамилия отвечает на вопрос «чей?» — сын или дочь Балтака. Такие фамилии массово возникали у русских, а также у крещёных татар, башкир и других народов Поволжья и Урала, когда нужно было зафиксировать родовое прозвище.

Географически фамилия Балтаков (и Балтакова) чаще всего встречается в регионах с сильным тюркским влиянием: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Это не случайно — здесь прозвища на «балта» были особенно распространены. Встречается и параллельная фамилия Балтаев, образованная от того же корня, но с другим суффиксом.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с топонимом Балта (например, город в Одесской области Украины или село в Бурятии). В таком случае фамилия могла указывать на выходца из этого места, но учитывая частоту тюркского корня, версия с прозвищем-профессией выглядит убедительнее.

Дворянских корней у фамилии, скорее всего, нет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде рядового населения. В современных записях она встречается нечасто, что делает её носителей обладателями довольно редкого родового имени с ясной и звонкой этимологией.