Фамилия Балтер чаще всего указывает на географическое происхождение: её могли дать человеку, переехавшему из города Балта, который сейчас находится в Одесской области Украины. Такая модель образования фамилий — по названию места, откуда человек родом, — очень распространена. В этом случае основатель рода Балтер был выходцем из Балты, и его прозвали «балтец», а затем закрепили фамилию в форме Балтер.

Город Балта — место с непростой историей. С XV века он был небольшим османским форпостом (турецкое «балта» означает «секира»), но турецкого населения там почти не было. После русско-турецких войн в 1791 году Балта отошла к Российской империи, и сюда хлынули славяне, а затем христианские беженцы, в основном молдаване. К началу XX века почти 80% жителей города составляли евреи. Именно в этой среде фамилия Балтер получила широкое распространение, что подтверждается и её звучанием. В 1924–1928 годах Балта даже была столицей Молдавской АССР, а после 1940 года вошла в состав Одесской области УССР.

Есть и другие версии происхождения фамилии. Например, Балтер могла быть производной от немецкого имени Бальтазар или Вальтер. Менее вероятно, что в основе лежит старонемецкое слово «balteniere» — «кочевать»; тогда родоначальник был путешественником. Но первая версия — топонимическая — выглядит убедительнее, так как она прямо связывает фамилию с конкретным городом и его историей, где еврейское население было преобладающим, а подобные фамилии по месту жительства были обычным делом.

Среди известных носителей — советский прозаик Борис Исаакович Балтер (1919–1974). В отличие, скажем, от искусственных «декоративных» еврейских фамилий вроде Вейценбаум («пшеничное дерево») или Цигенбаум («козье дерево»), Балтер — фамилия прозрачная и реалистичная, прямо указывающая на «балтского» предка.