Фамилия Бальцер чаще всего связана с немецкой языковой средой. В её основе лежит имя Бальц — сокращённая, обиходная форма древнего имени Бальтазар. Это имя имеет ассирийские корни и означает «тот, кого защитит бог». В старину такие имена нередко давали как своего рода оберег, веря, что они отведут от человека беду.

Однако есть и другая версия, более прозаичная. Некоторые исследователи возводят фамилию к немецкому глаголу «balzen» — «кататься по земле, прыгать». Если принять эту гипотезу, то прозвище Бальцер могли дать непоседливому, активному ребёнку или взрослому, который любил шумные игры и возню на свежем воздухе. В таком случае фамилия описывала не столько происхождение, сколько характер: весёлого, жизнерадостного человека, не привыкшего сидеть на месте.

В русском языке фамилия Бальцер — одна из тех, что были принесены немецкими колонистами, ремесленниками или офицерами на службе, а затем закрепились в документах. Она не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин), что сразу указывает на её иноязычное происхождение. Встречается она в основном в регионах, где исторически были компактные поселения немцев: Поволжье, Причерноморье, а также в крупных городах вроде Санкт-Петербурга и Москвы.

Какую из двух версий выбрать — решать носителю фамилии. Первая связывает её с библейским именем и идеей защиты, вторая — с подвижным и весёлым нравом предка. Обе имеют право на существование и по-своему объясняют, откуда пошла эта звонкая и необычная для русского уха фамилия.