Фамилия Балтрунас звучит не по-русски, и это верная догадка. Перед нами типичная литовская фамилия, которая попала в русский обиход чаще всего через метрические книги и документы XIX века, когда жители западных губерний империи получали паспорта. Основой для неё послужило крестильное имя Балтрунас — литовская народная форма библейского имени Валтасар (Бальтазар). В литовском языке имя Балтрунас (Baltrušas, Baltrukonis) было распространено не меньше, чем Иван в русской среде.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: фамилия образована напрямую от имени без дополнительных русских суффиксов -ов или -ин. Окончание -ас — это стандартный литовский показатель мужского рода в именительном падеже. В русских документах фамилию часто русифицировали, отбрасывая это окончание, но вариант Балтрунас сохранил исходную литовскую форму. Это говорит о том, что носитель фамилии или его ближайшие предки в XIX веке ещё говорили по-литовски и записывались так, как было принято в их языке.

Балтрунас — фамилия не аристократическая, а крестьянская или мещанская. В Литве она встречается и сейчас, особенно в северных и центральных районах (Шяуляйский, Паневежский уезды). В России и Беларуси её можно найти у потомков литовцев, переселившихся в Сибирь или на Дальний Восток в ходе столыпинской реформы или депортаций 1940-х годов.

Внутри самой Литвы существует множество родственных фамилий: Балтрушайтис, Балтрушкевичус, Балтруконис. Все они восходят к тому же имени Балтрунас, но различаются суффиксами, которые когда-то указывали на сына или на принадлежность к роду. Фамилия Балтрунас стоит в этом ряду как самая краткая и древняя по форме — она просто закрепила за человеком его личное имя, без дополнительных уточнений.