Фамилия Балтруков — одна из тех, где корень иноязычный, а суффикс — чисто русский, «присваивающий». Основа здесь — личное имя Балтрук, вариант крестильного имени Балтазар (Валтасар). Балтазар в переводе с древнееврейского означает «защити его жизнь» или «да защитит Бог царя». Это имя носил один из библейских царей Вавилона, а в православных святцах оно встречается в форме Валтасар, но в народе часто упрощалось до Балтрук или Балтрух.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Балтруков — «сын Балтрука». Такая фамилия могла появиться в среде, где крестильное имя переделали на свой лад, отбросив книжное окончание. Встречается она почти исключительно у русских и, по косвенным данным, чаще фиксировалась в южнорусских и казачьих регионах, где любили сокращённые и «обрусевшие» формы библейских имён.

Интересная деталь: имя Балтазар в Западной Европе давало фамилии вроде Бальтазар, Бальтазари. Русский вариант пошёл по другому пути — через уменьшительную форму Балтрук. То есть если в Германии или Польше человек мог носить полное имя как фамилию, то у нас его сначала «упростили» в быту, а потом закрепили за потомками. Поэтому Балтруков — это не просто «сын Балтазара», а скорее «сын того, кого в деревне звали Балтруком».

Других версий происхождения, связанных с балтийскими корнями (от слова «балт»), у фамилии нет — это ложная аналогия. Фамилия Балтруков не указывает на балтийское происхождение предка, а лишь на то, что в роду было имя Балтазар, которое со временем потеряло связь с первоисточником и стало звучать по-русски.