Фамилия Батруков в своей основе имеет прозвище Батрук — и здесь мы сразу сталкиваемся с двумя разными, но одинаково правдоподобными версиями. Первая и самая распространённая: Батрук — это диалектный вариант слова «батрак». В старину так называли наёмного работника, а в новгородских говорах — ещё и казака. Фольклор наделял батраков хитростью и острым умом: «Черт бессилен, да батрак его силен», «Не надейся попадья на попа, держи своего батрака». Нанимать батраков могли только зажиточные люди, но бывало и наоборот — разорившийся хозяин сам шёл в работники: «Было у Петрака четыре батрака, а ныне Петрак сам батрак». Прямое документальное подтверждение этой версии — сведения о Вельямине Батрукове, жившем в XVI веке. Его имя встречается в исторических записях, что делает эту линию наиболее обоснованной.

Вторая, менее вероятная гипотеза ведёт прозвище к слову «батура» — так в рязанских и пермских говорах называли упрямого, несговорчивого человека. Однако эта версия уступает первой и по географическому охвату, и по частоте употребления корня. Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Батрук добавился типичный русский суффикс принадлежности -ов, указывающий на потомка («чей?» — Батруков). Таким образом, Батруков — это буквально «сын Батрука», то есть потомок человека, которого в своё время прозвали за характер или род занятий.