Фамилия Балтрушина — женская форма фамилии Балтрушин, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Сразу бросается в глаза нетипичная для русских фамилий основа: «Балтруш-» не имеет славянских корней. Это указывает на литовское или польское происхождение. В основе лежит личное имя Балтруш — литовская народная форма от крестильного имени Балтрамеюс (Варфоломей). В польском языке ему соответствует Bartłomiej, а в народном произношении — Bałtromiej или Bałtruś.

Модель образования фамилии — типичный русский суффикс -ин, который присоединили к иноязычной основе. Это значит, что предок носителя фамилии был русским по языку или культуре, но его отца или деда звали литовским именем Балтруш. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно означает «чей?»: Балтрушин — «сын Балтруша». Такая модель характерна для северных и центральных областей России, куда в XVII–XIX веках переселялись литовцы и белорусы.

Географически фамилия Балтрушин тяготеет к западным регионам России, особенно к Псковской и Смоленской областям, а также к Литве и Беларуси. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании. В отличие от фамилий на -ов или -ев, которые массово давали крестьянам после отмены крепостного права, Балтрушин могла закрепиться раньше, в среде однодворцев или мелкопоместных дворян литовского происхождения.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Балтрушайтис, Балтрушкевич, Балтрушевич — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются по суффиксам. Литовский вариант на -айтис указывает на сына, польский на -евич — на патроним. Русский -ин — самый простой и прямой, без дополнительных оттенков.

Таким образом, фамилия Балтрушина — это пример того, как литовское имя вошло в русскую фамильную систему через суффикс принадлежности. Предки её носителей, скорее всего, были выходцами из Великого княжества Литовского, обрусевшими к XIX веку. Никаких данных о дворянском сословии или особой известности фамилии нет — это рядовая, но характерная для приграничных территорий фамилия.