Фамилия Балтян образована от прозвища или от названия города, и обе версии одинаково правдоподобны. Разберём их по порядку.

Первая версия связывает основу с румынским словом baltă — «озеро, пруд, болото, стоячая вода». Прозвище Балтян могли дать человеку, который жил в низине, у озера или на болотистом берегу. Такие прозвища по месту жительства — распространённое явление в молдавской и украинской среде, где слово «балта» прижилось в бытовой речи. Суффикс -ян указывает на принадлежность или характерный признак: Балтян буквально означает «озёрный», «живущий у воды». Эта модель типична для фамилий юго-западных регионов бывшей Российской империи — Бессарабии, Подолья, Херсонщины.

Вторая версия — топонимическая. Фамилия могла произойти от названия города Балта (ныне Одесская область Украины). Город известен с XV века как небольшой форпост у северных границ Османской империи; по-турецки «балта» — «секира», хотя собственно турецкого населения там почти не было. После русско-турецких войн Балта отошла к Российской империи в 1791 году, и сюда потянулись славяне, а затем и христианские беженцы с юга — в первую очередь молдаване. С конца XVIII и до начала XX века большинство населения города составляли евреи, а сам город славился мукомольной промышленностью. Не исключено, что основатель рода Балтян родился или долгое время прожил в Балте и получил фамилию по месту выхода.

Какая из версий верна для конкретной семьи — сказать без генеалогических изысканий невозможно. Но обе они укладываются в одну географическую зону: юго-западные земли, где смешались славянские, румынские и тюркские влияния. Фамилия Балтян — нечастая, в списках распространённых русских фамилий она не встречается, что тоже говорит о её локальном, региональном происхождении.