Фамилия Балтыкова — женская форма, мужская — Балтыков. Она образована по простой и распространённой модели: к основе Балтык- добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Балтыков). В основе лежит прозвище или нецерковное имя Балтык.

Самый очевидный источник — тюркское слово «балтык» (или «балдык»), означающее «рыба», чаще всего — осётр или белуга. В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском, казахском, это слово было хорошо известно. Прозвище Балтык могли дать рыболову, торговцу рыбой или человеку, чем-то напоминавшему эту крупную рыбу — например, сильному и медлительному. В русских говорах Поволжья и Приуралья слово «балтык» тоже встречалось, но как заимствование, поэтому фамилия скорее тюркского происхождения.

Есть и другая версия, менее вероятная. В некоторых тюркских наречиях «балтык» имело значение «топорик» или «маленький топор» (от «балта» — топор). Тогда прозвище могло относиться к плотнику, дровосеку или воину с небольшим топором. Но в ономастике чаще опираются на «рыбную» версию: она шире распространена и лучше подтверждается географией фамилии.

Балтыковы — нередкая фамилия в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у русских, и у татар, и у башкир — это говорит о давних контактах народов в Волго-Уральском регионе. Сословная принадлежность носителей была разной: от крестьян до служилых людей, но единого аристократического корня у фамилии нет.

Если сравнить с однокоренными фамилиями — Балтаков, Балтин, Балтышев — видно, что все они восходят к тюркским основам, но суффиксы различают их по времени и месту возникновения. Балтыков — одна из самых прозрачных по смыслу: «сын того, кого звали Рыбой» или, если угодно, «Рыбкин».