Фамилия Бандюгин — редкий случай, когда основа на первый взгляд ясна, но на деле таит ловушку. Самое простое объяснение: от слова «бандюга» (бандит, разбойник). Однако в русской ономастике прямое прозвище по криминальному занятию давали редко — это слишком опасно для самого носителя. Скорее всего, перед нами не прозвище бандита, а производное от неканонического имени или мирской клички, связанной с глаголом «бандить» (гнуть, мять) или диалектным «банда» (куча, вязанка хвороста). В северных и сибирских говорах «бандюгой» могли назвать неуклюжего, грубого человека или того, кто работает с вязанками — например, лесоруба.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бандюгин — «сын Бандюги» или «человек из семьи Бандюги». Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Если бы основа была заимствована из польского или украинского (где «бандит» звучит как «bandyta»), мы бы скорее увидели форму Бандитин или Бандитов. Сочетание «ю» в корне (Бандюга, а не Бандига) выдаёт именно русскую диалектную или просторечную огласовку.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, откуда известны ранние записи. В переписях XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Бандюга — не как преступники, а как люди с грубоватым нравом или внешностью. Сословно это почти наверняка крестьянская среда: дворяне с такой фамилией не зафиксированы.

Стоит отбросить версию о связи с музыкальным инструментом «бандура» — для этого в основе было бы «бандур-» (Бандурин, Бандуркин). И уж точно не стоит искать здесь тюркские корни: фамилия чисто славянская по модели и звучанию. Таким образом, Бандюгин — это прозвищная фамилия, где исходное слово со временем сменило значение: от «нескладного, грубоватого человека» до ассоциации с уголовным миром, хотя изначально криминала в ней не было.