Фамилия Биндюгин звучит грубовато и цепко — сразу чувствуется что-то рабочее, портовое. И это не случайно. В основе лежит слово «биндюг» или «биндюк», которое в южнорусских и украинских говорах означало крепкого ломового извозчика, грузчика на пристани. Знаменитая одесская песня «Биндюжник» закрепила это значение в народной памяти: биндюжники были сильными людьми, таскавшими тюки и бочки в порту. Таким образом, Биндюгин — это «сын биндюжника» или просто человек, чей предок занимался этим тяжелым ремеслом.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от названий профессий или прозвищ, оканчивающихся на согласный. Форма «Биндюгин» — не «Биндюгов», что встречается реже, — подчеркивает именно принадлежность к конкретному человеку: «чей?» — «Биндюгин», то есть потомок того самого биндюжника. Слово «биндюг» имеет тюркские корни (сравните с турецким «bendük» — «связка, тюк»), что логично для южных портовых городов, где смешивались языки и народы.

Географически фамилия Биндюгин тяготеет к югу России и Украины, особенно к Одесской, Николаевской и Херсонской областям, а также к Ростовской области. В центральных и северных регионах она встречается редко, что подтверждает её локальное происхождение. В дореволюционных переписях Биндюгины чаще всего числились мещанами или крестьянами, занимавшимися извозом и портовой работой — фамилия прямо указывала на социальный слой.

Есть и более редкая, менее правдоподобная версия: от диалектного «биндюг» в значении «упрямый, своенравный человек». Но она слабее, так как основное словарное значение слова именно профессиональное. Фамилия Биндюгин — редкий пример того, как одно слово точно описывает занятие предков, без туманных прозвищ и отвлеченных корней.