Фамилия Бондюгин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение: она образована от прозвища или нецерковного имени Бондюга. В основе этого слова лежит диалектный глагол «бондить» или «бондюжить», который в северных и сибирских говорах означал «упрямиться, капризничать, делать назло». Соответственно, Бондюгой могли прозвать человека с трудным, строптивым характером, который «бондит» — то есть стоит на своём, перечит.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на -а добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Бондюгин). То есть Бондюгин — это буквально «сын Бондюги». Суффикс -ин обычно закреплялся за основами, оканчивающимися на гласный или мягкий согласный, что здесь и соблюдено.

Менее вероятна, но возможна связь с прибалтийско-финскими языками, где встречаются похожие звуковые комплексы. Например, в карельских говорах «bondo» может означать «дно» или «глубокое место». В таком случае прозвище Бондюга могло относиться к человеку, жившему у омута или на низком берегу. Однако эта версия слабее, потому что фамилия Бондюгин не фиксируется в массовом порядке в регионах, где сильны финно-угорские субстраты. Она встречается точечно, в основном в центральных и волжских областях России.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бондин, Бондарев, Бондаренко — показывает, что корень «бонд-» в русском языке чаще всего связан с ремеслом бондаря (бочара). Но Бондюгин стоит особняком: суффикс -юг- придаёт основе пренебрежительный или увеличительный оттенок, что характерно именно для прозвищ по характеру, а не для профессиональных имён. Бондаря назвали бы Бондарем или Бондарчуком, а не Бондюгой.

Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении Бондюгиных нет. Фамилия крестьянская, скорее всего, закрепилась в среде однодворцев или государственных крестьян. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от одного прозвища, данного конкретному человеку в конкретной деревне.