Фамилия Бондина — женская форма, а мужская, соответственно, Бондин. В её основе лежит прозвище Бонда. Слово это неоднозначное, и тут возможны два основных пути.

Первый ведёт к диалектному «бондя» — так в некоторых говорах называли толстого, неповоротливого человека. Прозвище, что называется, по внешнему признаку. Вторая версия — профессиональная. В тех же говорах «бонда» могло означать пастуха или скотовода. В этом случае прозвище указывало на род занятий предка: он пас скот, а его дети и внуки стали Бондиными.

Какой из вариантов правдоподобнее? Склоняемся ко второму. Фамилии, образованные от названий профессий, в русской традиции встречаются сплошь и рядом (Кузнецов, Мельников, Плотников). А вот прозвища по внешности чаще давали в более грубой, прямой форме, и «бондя» — слово довольно редкое. Поэтому версия о пастухе выглядит надёжнее.

Сама фамилия образована по типичной модели: к основе Бонд- добавили суффикс притяжательности -ин, который отвечал на вопрос «чей?». Бонда → сын Бонды → Бондин. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: Бо́ндина.

Фамилия довольно редкая. Если искать её корни, стоит обратить внимание на северные и северо-западные регионы России — там диалектные слова вроде «бондя» были в ходу чаще. Встречается она и в некоторых районах Сибири, куда переселенцы принесли свои говоры и фамилии.