Фамилия Бондин — один из тех случаев, где за привычным окончанием скрывается неочевидная основа. На первый взгляд, её можно принять за патроним от имени Бонда, но на самом деле корень здесь не столько имя, сколько прозвище. Исходное слово — «бондя», которое в русских говорах означало «толстый, неуклюжий человек». Вряд ли такое прозвище давали за стройность или ловкость: скорее всего, первый носитель прозвища выделялся либо плотным телосложением, либо медлительностью.

Однако есть и другой поворот. В некоторых диалектах «бондя» — не только внешняя характеристика, но и указание на род занятий. Так могли называть пастуха или скотовода. В этом случае прозвище переходит в разряд профессиональных именований: предок Бондиных мог пасти скот, и это занятие закрепилось за ним в виде уличного прозвища, а затем и фамилии. Обе версии имеют право на жизнь, и без точных региональных данных выбрать между ними сложно.

Сама модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Бондин, то есть сын Бонды). Это одна из самых распространённых патронимических моделей в русских фамилиях, но в паре с нестандартным корнем она даёт редкое сочетание. Фамилия нечастотна, её носители встречаются в основном в центральных и северных областях России, где диалектное слово «бондя» было в ходу. Сравните с однокоренными Бондаревым или Бондаренко — те образованы от ремесла бондаря (бочара), но Бондин стоит особняком: его основа не профессия, а либо внешность, либо пастушество.