Фамилия Бондюк образована по распространённой украинской модели с суффиксом -юк, который указывает на принадлежность к роду: сын или потомок человека по прозвищу Бонда. Такая словообразовательная схема типична для западноукраинских земель, Волыни и Полесья.

Основа фамилии — прозвище Бонда. Его происхождение неоднозначно. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным словом «бондя» — так в некоторых говорах называли толстого, неуклюжего человека. Однако в отличие от многих «профессиональных» прозвищ, здесь есть нюанс: если прозвище Бонда действительно происходит от «бондя», то это скорее описательная, а не профессиональная характеристика. Впрочем, существует и иная гипотеза: в польском и западноукраинском языках «bonda» могло означать «пастух» или «скотовод», что делает прозвище профессиональным. В таком случае предок Бондюков пас скот или занимался разведением крупного рогатого скота.

Интересно, что фамилия Бондюк почти не встречается в центральных и восточных областях России, но распространена в западных регионах Украины, особенно в Ровенской, Волынской и Тернопольской областях. Это подтверждает её западноукраинское происхождение.

Суффикс -юк в украинской ономастике со временем перестал быть только уменьшительным и стал типичным фамильным показателем, как, например, -енко на востоке Украины или -ов на севере. Так что Бондюк — это буквально «маленький Бонда» или, чаще, «сын Бонды». Со временем прозвище отца закрепилось за всем родом и перешло в официальную фамилию, вытеснив первоначальное родовое имя.