Фамилия Бонденко — один из тех случаев, когда внешне украинская форма скрывает неочевидную основу. Суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, «сын кого-то» или «потомок кого-то») здесь налицо, а вот корень Бонд- заставляет задуматься. Самое простое и правдоподобное объяснение — основа от прозвища или имени Бонда, Бондь. В украинских говорах «бонда» или «бондарь» — это мастер по изготовлению бочек, бочар. Однако фамилия записана именно как Бонденко, а не Бондаренко, что говорит о более редкой, возможно, диалектной или индивидуальной форме. В некоторых регионах слово «бонда» могло означать не ремесленника, а человека плотного, крепкого телосложения — «бонда» как «толстяк» или «увалень». Встречается и версия, что корень восходит к немецкому «Bonde» (крестьянин, земледелец, особенно в Прибалтике и среди колонистов), но для украинской фамилии это маловероятно: носители фамилии Бонденко исторически сосредоточены в центральной и восточной Украине (Черкасская, Полтавская, Сумская области), где немецкое влияние было минимальным. Таким образом, скорее всего, предок носителя этой фамилии был бондарем — бочаром, либо получил прозвище за внешность или характер. Модель образования типична для украинской народной среды XVII–XVIII веков: сначала было прозвище Бонда, затем к нему добавился патронимический суффикс -енко, и потомки стали Бонденками. В отличие от массовой фамилии Бондаренко, форма Бонденко встречается реже, что делает её более локальной и ценной для генеалогического поиска.