Фамилия Бондюгов — один из тех редких случаев, когда корень слова почти наверняка указывает на конкретное занятие предка, но точное значение ускользает из-за диалектной пестроты. Основа здесь — «бондюг» или «бондяк». В русских говорах так называли бондаря, то есть мастера по изготовлению бочек, кадок и другой деревянной посуды. Однако в некоторых местностях слово «бондюг» имело иное значение — им могли обозначать неуклюжего, неповоротливого человека или даже небольшой залив, затон на реке. Поэтому нельзя исключать, что прозвище Бондюг дали либо по ремеслу, либо по месту жительства у такого залива, либо по внешности. Суффикс -ов в фамилии — стандартный патронимический, то есть «сын Бондюга».

Сама фамилия — явление довольно позднее по модели образования. Суффикс -юг в основе встречается нечасто и придаёт слову оттенок просторечия или диалектности. В центральных губерниях чаще говорили «бондарь», а «бондюг» — слово более северное или волжское. Это наводит на мысль, что предки Бондюговых могли жить в районах Вятки, Перми или Поволжья, где бондарный промысел был особенно развит из-за речного судоходства и рыболовства (бочки для соли, рыбы, смолы). В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются фамилии Бондарев и Бондаренко, а вот Бондюгов — редкий вариант, не попавший в массовые списки.

Важный нюанс: фамилия могла возникнуть не напрямую от прозвища, а от названия населённого пункта. В России есть несколько урочищ и бывших хуторов с названием Бондюг (например, в Пермском крае). Тогда родоначальник получил фамилию по месту, откуда пришёл или где жил. Такая версия не противоречит ремесленной: деревни часто называли по роду занятий жителей.

В словаре русских фамилий Б. О. Унбегауна «Бондюгов» не упоминается — это подтверждает её локальный, нераспространённый характер. Скорее всего, это фамилия одного географического гнезда, а не общерусская. Носители фамилии сегодня встречаются в основном на Урале и в Сибири, что косвенно подтверждает версию о волжско-вятских корнях. Сословно предки могли быть как государственными крестьянами, так и посадскими ремесленниками, но в дворянство фамилия явно не попала — в родословных книгах она не фиксируется.