Фамилия Бондюгина — женская форма, образованная от мужской фамилии Бондюгин. Сама же фамилия Бондюгин относится к довольно редкому типу русских фамилий, происходящих от прозвищ, связанных с родом занятий или характером человека. Основа здесь — слово «бондюга». Это не общеупотребительное литературное слово, а диалектное, бытовавшее преимущественно в южнорусских и украинских говорах. В словарях оно фиксируется в значении «вялый, медлительный человек» или, напротив, «упрямый, несговорчивый» — то есть прозвище могло отражать как темп, так и нрав. Вторая, не менее вероятная версия, отсылает к ремеслу: «бондюга» могло означать бондаря (бочара) — мастера по изготовлению бочек. В этом случае корень «бонд-» родственен немецкому «Böttcher» (бондарь) и польскому «bednarz», что указывает на заимствование через западные диалекты или через украинское посредничество. Суффикс «-юг-» в прозвище — увеличительный, иногда пренебрежительный, что характерно для народной речи: так могли назвать крупного, грузного бондаря или просто неуклюжего человека.

Модель образования фамилии — типичная русская патронимическая: к прозвищу Бондюга добавился притяжательный суффикс «-ин», указывающий на принадлежность к роду: «сын Бондюги» или «внук Бондюги». Это говорит о том, что фамилия сложилась в крестьянской или ремесленной среде, где прозвища передавались по наследству раньше, чем официальные фамилии. В отличие от «-ов» и «-ев», суффикс «-ин» чаще присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, что здесь и произошло. Фамилия недворянская, не искусственная — она возникла естественным путем в среде, где человека знали по прозвищу или профессии.

Географически фамилия Бондюгин (и Бондюгина) встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда, но чаще всего фиксируется в регионах, граничащих с Украиной: в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в Поволжье, куда переселенцы принесли говор. Интересно, что фамилия не получила широкого распространения, что типично для прозвищ, которые не стали массовыми родовыми именами. По сравнению с однокоренной фамилией Бондарев (от «бондарь») Бондюгин звучит более архаично и диалектно, сохраняя в себе именно прозвищную, а не профессиональную основу. Таким образом, предок носительницы фамилии Бондюгина был либо мастером-бондарем, которого за характер или внешность прозвали Бондюгой, либо человеком с медлительным или упрямым нравом, получившим это прозвище в своей общине.