Фамилия Биндюков звучит грубовато и основательно, и это не случайно. Её основа — слово «биндюк» или «биндюг», которое в южнорусских и украинских говорах (особенно в Одессе и Причерноморье) означало «ломовик», «грузчик» или «портовый рабочий». Биндюжниками называли тех, кто таскал на спине мешки с зерном, углём или товаром в порту. Это была тяжёлая, но уважаемая работа, и прозвище Биндюк давали человеку крепкого телосложения, неутомимого или же того, кто сам занимался таким промыслом.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилии: «чей сын?» — Биндюков, то есть потомок Биндюка. Фамилия эта, скорее всего, недворянская и недуховная: она возникла в среде городских низов, ремесленников или крестьян, уходивших на сезонные заработки в портовые города. В XIX веке прозвище Биндюк могло закрепиться за целым родом, даже если сам предок уже не работал грузчиком — фамилия фиксировала социальный тип.

Интересно, что слово «биндюк» имеет тюркские корни (от «бендюк» — «связка», «тюк»), но в русский язык оно вошло именно через одесский говор и диалекты юга. Поэтому географически фамилия Биндюков чаще всего встречается на юге России и Украины, в областях, связанных с портовой торговлей. В центральных и северных регионах она редка.

Другие версии происхождения (например, от личного имени или от географического названия) маловероятны: ни в святцах, ни в старых писцовых книгах имени Биндюк нет. Словарь Б. Унбегауна относит фамилию к группе профессиональных прозвищ, что подтверждается и живым значением слова. В советское время фамилия могла восприниматься как «простонародная», но именно эта прямота и делает её ценной: она без прикрас рассказывает о том, чем кормилась семья предков.