Фамилия Бинденко звучит нарочито по-украински, но её корень заставляет задуматься: откуда взялось «Бинден-»? В украинской ономастике фамилии на -енко традиционно образуются от личных имён, прозвищ или названий профессий. Основа «Бинд-» не является ни распространённым славянским именем, ни очевидным ремеслом. Это наводит на мысль, что перед нами случай фамилии, возникшей из заимствованного или диалектного слова.

Наиболее вероятная версия связывает Бинденко с немецким или идишским корнем «binden» — «связывать, переплетать». В южных и центральных губерниях Российской империи, особенно на территории современной Украины, существовали ремесленные артели и поселения немецких колонистов. Прозвище Биндер или Бинда могли дать переплётчику книг, бондарю (изготовителю бочек, который «связывал» клёпки обручами) или даже ткачу, работавшему на перевязи. Суффикс -енко, типичный для украинских фамилий, означает «сын» или «потомок»: Бинденко — буквально «сын Бинды» или «потомок того, кого звали Бинд (переплётчик)».

Менее убедительной, но возможной выглядит версия о происхождении от личного имени Бенедикт (Венедикт) через народную форму Биньдюк или Бинда. В этом случае фамилия прошла бы через цепочку: Бенедикт → Биндя → Бинденко. Однако такая трактовка менее вероятна, так как в украинской традиции от имени Бенедикт чаще образовывались фамилии Бендюк, Бендюг, Бендюженко, а не с твёрдым «д» на конце основы.

Географически фамилия Бинденко редкая и встречается в основном в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в России. Это не массовая фамилия, что подтверждает её вероятное ремесленное или прозвищное происхождение от конкретного мастера. Таким образом, предок современных носителей фамилии Бинденко, скорее всего, был ремесленником, связанным с переплётом, бондарством или ткачеством, и его прозвище закрепилось за родом в форме типичного украинского отчества.